З грудня 1989 по березень 1992 р. уся влада в Україні концентрувалася по лінії рад, підпорядкованих по вертикалі Верховній Раді республіки. Виконавча влада здійснювалася виконкомами рад, що мали таке ж вертикальне підпорядкування. При цьому Верховна Рада здійснювала всю повноту влади від імені України: формувала уряд, мала право скасовувати рішення органів виконавчої влади і розпускати місцеві ради всіх рівнів. Таким чином, поділу трьох гілок влади в Україні фактично не було, хоча сам принцип розподілу влади був передбачений Декларацією про державний суверенітет України 16 липня 1990 р.

Співвідношення виконавчої і законодавчої гілок влади почало мінятися лише після запровадження в Україні посади Президента. У лютому-березні 1992 р. набули чинності Закони «Про Представника Президента України» і «Про місцеві Ради народних депутатів та місцеве і регіональне самоврядування». Згідно з цими законами за Верховною Радою залишалися законодавчі функції і контроль за діяльністю місцевих рад. При цьому вертикальне підпорядкування рад скасовувалося, так само як і вплив законодавців на виконавчу владу - виконкоми й уряд. Парламент міг тільки погоджувати з Президентом склад Кабінету Міністрів. Крім цього, при Президенті була створена Державна Дума з чотирьох колегій - економічної, науково-технічної, гуманітарної і правової політики. Головними завданнями Думи оголошувалися вироблення стратегії державної політики і забезпечення механізмів її реалізації (останнє передбачало необхідність наявності у Думи як законодавчих, так і виконавчих повноважень) а також експертиза прийнятих парламентом законів (що при сприятливому для президентської влади розвитку подій давало б можливість дещо усунути парламентарів від законодавчого процесу). Президент же, ставши над урядом, одержав у своє розпорядження відокремлену від Верховної Ради вертикаль виконавчої влади в особі Представників Президента, що здійснювали до того ж контроль за діяльністю органів місцевого самоврядування, прокуратури і були вищими державними посадовими особами на даній території. При цьому Представники Президента одержували у своє відання не тільки місцевий бюджет (що реально вилучало його зі сфери впливу законодавців і місцевого самоврядування), але і функції контролю за здійсненням Конституції і законодавства на даній території, фактично підміняючи прокуратуру та судову владу і підпорядковуючи їх собі (останнє, втім, прямо передбачалося законом, де Представники Президента іменувались вищими державними посадовими особами на даній території). Юридична непевність багатьох сторін нових законів доповнювалася положенням про те, що всі питання діяльності Представників Президента, не передбачені законодавством, повинні були безпосередньо регулюватися безпосередньо актами Президента. Таким чином, незважаючи на існування рад, реальне управління регіонами перейшло в руки виконавчої влади. При цьому Представники Президента і їхні адміністрації були підпорядковані не Кабінету Міністрів, а Адміністрації Президента України, яка хоч і не була передбачена законодавством, але фактично стала центральним елементом виконавчої влади в державі.

Однак, закріплення контролю Президента над виконавчою владою виявилося недовговічним, оскільки на той час Президент не міг спертися на стійку парламентську більшість. Тому, коли у вересні 1993 р. Верховна Рада ухвалила провести дострокові президентські вибори, тодішній Президент Л. Кравчук пішов на поступки, ліквідувавши інститути Представників Президента і місцевих адміністрацій, а також відновивши діяльність виконкомів місцевих рад.

Наступний Президент Л. Кучма, який переміг на виборах 1994р., форсовано почав відроджувати вертикаль самостійної виконавчої влади.

Першим його кроком на цьому шляху було підпорядкування собі голів районних і обласних Рад (Указом Президента від 6 серпня 1994 р. «Про забезпечення керівництва структурами державної виконавчої влади на місцях»). Указ цей був не конституційним, оскільки голови обиралися на свої посади всім населенням регіону і Президент не мав законних повноважень ні на їх усунення, ні на керівництво їхньою діяльністю.

Тому незабаром було здійснено і другий крок у цьому напрямку. 8 червня 1995 р. між Президентом і Верховною Радою був укладений Конституційний Договір - унікальний з правової точки зору документ, відповідно до якого і Конституція і все законодавство в цілому могли застосовуватися лише остільки, оскільки вони не суперечили цьому Договорові.

Відповідно до Конституційного Договору Верховна Рада цілком позбавлялась поточного контролю за діяльністю не тільки Кабінету Міністрів і органів державного управління, але і місцевих Рад, котрі у свою чергу позбавлялися майже всіх своїх повноважень і ставилися під керівництво глав місцевих державних адміністрацій, призначуваних особисто Президентом. Формально самоврядування зберігалося лише на рівні населених пунктів, де залишалися виконкоми Рад, а їхні голови обиралися загальним голосуванням населення. До того ж було передбачено, що головою обласної (районної) Ради і главою відповідної державної адміністрації є одна й та ж особа, причому обрана як голова Ради загальним голосуванням. З одного боку, це ставило Ради під контроль Президента, але з іншого - могло в перспективі призвести до деякої самостійності глав місцевих адміністрацій. До того ж у Верховної Ради залишався такий важливий інструмент контролю за виконавчою владою - як у центрі, так і на місцях - як формування державного бюджету.

Тому як доповнення до Конституційного Договору через парламент було проведено ще два документи: Указ Президента від 21 серпня 1995 р. «Про Положення про обласні, Київську, Севастопольську міські державні адміністрації і Положення про районні, районні в містах Києві і Севастополі державні адміністрації» та Указ Президента від 30 грудня 1995 р. «Про делегування повноважень державної виконавчої влади головам і керованим ними виконкомам сільських, селищних і міських Рад», по котрим місцева держадміністрація одержала право вносити зміни в бюджет і встановлювати місцеві податки. Згідно світової практики конституційного права такі повноваження є прерогативою законодавчої гілки влади і навіть теоретично не можуть належати владі виконавчій.

З огляду на те, що ще 28 травня 1995 р. нова редакція Закону «Про бюджетну систему України» внесла додаткові обмеження на формування і використання власних бюджетних ресурсів місцевими Радами, місцеве самоврядування було вже тоді реально поставлено під контроль президентської влади.

Дана структура державної влади в Україні остаточно була установлена з прийняттям Конституції 28 червня 1996р., котра стала компромісом між Президентом і парламентом у питанні впливу на виконавчу гілку влади.

Відповідно до Конституції парламент давав згоду Президенту на призначення прем’єр-міністра, затверджував програму уряду, а також один раз протягом парламентської сесії міг відправити уряд у відставку (за умови, що з часу схвалення Верховною Радою програми діяльності уряду пройшло не менше року). Проте, навіть такий урізаний вплив законодавців на верхівку виконавчої влади пом’якшувався тим, що значна частина функцій по керівництву органами державного управління реально виконувалася не Кабінетом Міністрів, а Адміністрацією Президента - органом, не передбаченим Конституцією а відтак абсолютно не підконтрольним парламенту. При цьому парламент не впливав на призначення і відставку окремих членів уряду. Президент же отримав право в будь-який момент відправити у відставку як будь-кого з членів кабінету (включаючи прем’єра), так і весь уряд у цілому, без погодження з парламентом. Силові міністерства і відомства (МО, МВС, МНС, СБУ, ДПАУ, Генеральна прокуратура та ін.) напряму підпорядковувались Президенту як голові Ради національної безпеки і оборони. Хоча фактично уся вертикаль виконавчої влади виявилась підпорядкованою Президенту, він не несе відповідальності за її діяльність (утім, як і парламент).

Реально парламент також не міг не тільки проконтролювати виконання прийнятого ним бюджету, але і притягти до відповідальності винних за його невиконання. При цьому в розпорядженні виконавчої влади знаходилися різноманітні позабюджетні фонди. Таким чином, законодавча влада виявилася фактично відстороненою від скільки-небудь значного впливу на прийняття найважливіших державних рішень.

Судова ж влада, відповідальна за контроль за виконанням законодавства, значною мірою виявилася пов’язаною з Президентом уже тим, що згідно Конституції саме останній відав призначенням тих суддів, які займали цю посаду вперше.

Значну роль у посиленні президентської влади відігравала система виборчих комісій. Територіальні та дільничі виборчі комісії, які формувались контрольованими президентом місцевими адміністраціями та органами місцевого самоврядування, а також призначувана Президентом за поданням парламента ЦВК стали інструментом впливу правлячої верхівки країни на виборчий процес.

Сформувавши в самому парламенті значну групу пропрезидентських фракцій, об’єднаних у «стійку більшість» (а це, у свою чергу, давало можливість впливу і на Конституційний Суд, одну третину якого призначає сам Президент, другу - парламент і третю—призначає колегія суддів) правляче угруповання політичної еліти сконцентрувало у своїх руках усю повноту фактичної влади в державі.

Представники виконавчої влади ще в ході президентської виборчої кампанії восени 1999 р., посилаючись на те, що протистояння між президентською владою і Верховною Радою «запрограмовано» чинною Конституцією України, декларували необхідність перерозподілу владних повноважень із метою зменшення їх парламентської «частки».

Свій другий президентський термін Л. Кучма розпочав з активних дій, спрямованих на реформування політичної системи. 16 квітня 2000 р. відбувся всеукраїнський референдум, метою якого було посилення президентської гілки влади за рахунок повноважень парламенту. На всенародне голосування винесли чотири питання:

- про право Президента на розпуск Верховної Ради, якщо протягом місяця в ній не було сформовано постійно діючої більшості або якщо вона не затвердить державний бюджет; про скасування депутатської недоторканності;

- про скорочення кількості народних депутатів з 450 до 300;

- про заснування верхньої палати парламенту як представника інтересів регіонів.

Усі ці питання були підтримані переважною більшістю голосів громадян України, однак як і раніше значну роль при цьому відіграло уміле використання адміністративного ресурсу одним з найближчих на той час радників Президента народним депутатом, лідером Демсоюзу О. Волковим, який фактично очолював кампанію з проведення референдуму.

На заваді реалізації результатів референдуму стала політична криза, яка охопила Україну напркінці 2000 р. - у першій половині 2001 р. У цей період найпотужніші бізнес-групи завдяки надаваному їм доступу до пільгової приватизації та отриманню ренти від використання державних монополій зосередили в своїх руках концентрацію ресурсів, достатню для вирішального впливу на прийняття державних рішень. Це дозволило їм у політичній площині поступово переорієнтовуватися з боротьби за вплив на Президента (який усе ще контролював процес великої приватизації та розподіл ренти від використання державних ресурсів, однак різке скорочення державного сектору економіки суттєво звузило обсяг останніх) на боротьбу за доступ до реальної державної влади.

Питання про реформування політичної системи знову було підняте Л. Кучмою у 2004р., коли політична обстановка в Україні повністю виключила для нього можливість зайняти президентське крісло на третій термін. На цей раз сутністю реформи стало обмеження владних повноважень Президента та передача їх до парламенту і створюваного останнім уряду. 8 грудня 2004р., в результаті компромісу між опозицією та тодішнім Президентом парламент прийняв Закон «Про внесення змін до Конституції України», котрий суттєво розширював повноваження парламенту щодо формування уряду та контролю за діяльністю виконавчої влади.