На початку війни ОУН розраховувала на відновлення української державності на окупованій німецькими військами території. Ще до початку Другої світової війни ОУН співробітничала з гітлерівцями. За допомогою Німеччини керівництво ОУН проводило формування Легіону українських націоналістів для боротьби на радянських землях.

30 червня 1941 р. у Львові скликані з ініціативи С. Бандери Українські національні збори проголосили про утворення Української держави і її уряду на чолі з Я. Стецьком. Однак, уже 9 липня 1941 р. Німеччина відмовилася визнати українську державу. Український уряд був розігнаний, а 15 вересня 1941 р. за наказом А. Гітлера С. Бандера і Я. Стецько були заарештовані.

Після цього ОУН-Б проголосила про свій перехід на шлях збройної боротьби як із радянською владою, так і з німецькими військами. Сформовані з галичан за активної участі ОУН батальйони СС «Роланд» і «Нахтігаль» відмовилися виконувати накази німецького командування і були розформовані. До кінця 1941 р. у Східній Галичині була створена розгалужена підпільна мережа ОУН («похідні групи») із суворою конспірацією і чіткою організацією. Наприкінці 1942 р. прихильники С. Бандери приступили до формування великих партизанських сил. Однак до 1944 р. бандерівці утримувалися від нападів на німецькі гарнізони і комунікації. ОУН-М продовжувала співробітничати з німецьким окупаційним командуванням, надаючи йому активну допомогу у формуванні «місцевого самоврядування» і української міліції.

Таким чином, ОУН розкололася на дві частини: ОУН-М — під керівництвом А. Мельника (який вважав головними ворогами України більшовиків і вважав за можливе боротися проти них «у союзі», а фактично під керівництвом гітлерівської Німеччини) і ОУН-Б («Революційний провід ОУН») — під керівництвом С. Бандери (що ставив за мету боротьбу за незалежність, спираючись тільки на власні сили при «нейтральному» ставленні до німців під час війни). Основним районом дій ОУН і УПА були землі Східної Галичини, де їх традиційно підтримувало місцеве населення. Сподіваючись на взаємне виснаження Німеччини і СРСР у ході війни, керівництво ОУН-УПА планувало розпочати основні дії для звільнення України після закінчення війни. Тому до 1944 р. воно уникало бойових дій проти німецького окупаційного режиму. Основними напрямами діяльності ОУН-УПА в цей період були боротьба з польським населенням Східної Галичини (насамперед, із загонами підпільної польської Армії Крайової) та радянським партизанським і підпільним рухом. Значна частина контингенту УПА на період від кількох місяців до року наймалася за контрактом до підрозділів поліції, що формувалися німецькою окупаційною владою для каральних заходів у Поліссі (в т ч. й на території Білорусії). За підтримки німецького окупаційного командування у Поліссі була створена т.зв. «Поліська Січ» — іррегулярне формування для боротьби з радянськими партизанами.

Борючися за лідерство у національному русі, загони УПА в середині 1943 р. роззброїли і нейтралізували групи «Поліської Січі» і ОУН-М. Залишки загонів «Поліської Січі» були перейменовані на Українську народну революційну армію (УНРА) і продовжували боротися проти радянських партизанів і німців до кінця 1943 р. Наприкінці 1943 р. УПА залишилася єдиною великою національною військовою організацією. Загони УПА під назвою Українського народного самозахисту, сформовані на Волині й у Галичині, у серпні 1943 р. під Делятином розбили з’єднання Ковпака, яке було ослаблене безперервними жорстокими боями з німцями під час Карпатського рейду.

Завдяки підтримці німецького командування УПА вже до кінця 1943 р. виросла в 40-тисячну армію. Вона дислокувалася на Поліссі, Волині і Галичині. Там вона проводила активні бої проти польської Армії Крайової (АК), що прагнула контролювати Волинь, Полісся і Холмщину. ОУН, яка здійснювала політичне керівництво УПА, ставила за мету очищення цих територій від польського населення. Каральні дії проти польського населення залишалися основною формою діяльності УПА навіть після вступу на територію Волині і Східної Галичини Радянської армії.