Деякий час після польського полону Павлюк був чигиринським полковником, потім із групою прихильників пішов на Січ. У травні 1637 р. запорожці під його поводом захопили артилерію реєстровців. У липні козацька рада обрала Павлюка гетьманом. Перед виходом у похід він звернувся до народу з універсалами, закликаючи вступати до його війська, знищувати реєстрову старшину як зрадників, погрожуючи шляхті за переслідування козаків. Його підтримало вся Середня Наддніпрянщина і Лівобережжя, але загони повсталих діяли розрізнено. Під Черкасами відбулися два вирішальні бої з поляками, у ході яких основні сили повстанців були розбиті. Старшина видала переможцям Павлюка та інших керівників. Вони були відвезені у Варшаву і страчені. Однак, цілком придушити повстання не удалося. Деяким прихильникам Павлюка - К. Скидану і Д. Гуні удалося відійти на Січ, щоб, зібравшись із силами, продовжити боротьбу.

У лютому 1638 р. сейм схвалив «Ординацію Війська Запорозького реєстрового, що перебуває на службі Речі Посполитої», котра «на вічні часи» ліквідувала права козаків на самоврядування - вибори старшини і судочинство. Реєстр обмежувався 6 тисячами - інші повинні були повернутися під владу шляхти. Замість гетьмана (старшого реєстру) з числа польської шляхти призначався комісар. З цього ж стану призначалися осавули і полковники. Козакам дозволялося жити тільки в прикордонних містах. Полки по черзі повинні були ходити на Січ, розганяти запорожців і охороняти кордони від татар. Вирішено було відновити фортецю Кодак, яка повинна буластати бар’єром між Низом і волостю. Селянам категорично заборонялося вступати в контакти з козацтвом, козакувати і навіть називати себе козаками.

Тим часом, Запорозька Січ продовжувала існувати, і туди як і раніше стікалися втікачі; готувалася чергова сутичка з поляками. У березні 1638 р. обраний гетьманом Яків Острянин, полковники Карпо Скидан і Дмитро Гуня повели запорожців на волость. У першому бою під Голтвою (Полтавщина) вони розгромили передові загони коронного війська. Після цього повсталі взяли в облогу Лубни, але після значних утрат змушені були відійти від міста. У битві під Жовнином вони були розбиті. Вважаючи подальшу боротьбу недоцільною, Я. Острянин з декількома сотнями козаків перейшов російський кордон.

Ті, що залишилися, обрали гетьманом Дмитра Гуню, відійшли на кілька кілометрів південніше й у районі впадання в Сулу ріки Старець розбили табір. Майже два місяці шляхта під командуванням гетьмана М. Потоцького осаджувала повстанців. Брак продовольства і боєприпасів підштовхнули козацьку старшину до зради: вона визнала «Ординацію» і зобов’язалася відправити утеклих селян у панські маєтки. Д. Гуня з загоном козаків прорвався через польське оточення і пішов на Дон. Позбавлене керівництва повстання було придушене.

Тривала боротьба підірвала сили козацтва. Магнати розв’язали проти козаків і покозачених селян Подніпров’я найжорстокіший терор. Почалася масова міграція українців на Слобожанщину. Восени 1635 р. у Києві поляки скликали загальновійськову раду реєстрових козаків, на якій оголосили «Ординацію» і змусили козацтво прийняти її умови.

Десятирічний період після придушення повстання під проводом Я.Острянина і Д. Гуні(з 1639 по 1647 рр.) польська історіографія назвала «періодом золотого спокою» або «десятиліттям гробової тиші».