Рішенням короля уніатським єпископам були обіцяні місця в сенаті, а все уніатське духівництво звільнялося від податків. Українські шляхтичі, які прийняли унію, отримували право обіймати державні посади нарівні з католиками, а міщани — доступ до участі в міському самоврядуванні.

Усіх православних, котрі не визнали унії, уряд оголосив єретиками. Таким чином, православна церква опинилася поза законом. Почалося переслідування прихильників православ’я.

Насадження уніатської церкви викликало протест у багатьох верствах українського народу — від шляхти і нижчого духовенства до селян і міщанства. Для них православна віра стала символом боротьби проти іноземного поневолення, знаряддям якого був католицизм.

Уніатська церква всі православні храми і монастирі вважала своїми, захоплюючи їх за допомогою поляків. Після тривалої боротьби на сеймах і погроз узятися за зброю православна шляхта домоглася в 1607 р. рішення сейму про повернення православній церкві її «стародавніх прав». Однак, рішення це так і не було реалізовано.

З іншого боку, хоча Річ Посполита і надавала уніатському духівництву певну підтримку в боротьбі проти Української православної церкви, воно так і не отримало обіцяних рівних прав з католицьким духівництвом.

Митрополитами уніатської церкви в цей період були послідовно Михайло Рогоза, Іпатій Потій і Йосиф- Вельямін Рутський. Місцем перебування митрополитів (незважаючи на титул «Київський») була столиця Литви Вільно, оскільки до Києва їх не пускали козаки.

У 1620 р. єрусалимський патріарх Феофан, який прибув до Києва під охороною козаків, таємно висвятив (звів у сан) нових православних митрополита і єпископів. Королівська влада їх не визнавала, однак, поновлення православної церковної ієрархії практично закрило доступ уніатам на територію Наддніпрянської України.